La crisis social se agravó en el siglo XV, con frecuentes conflictos dos bloques enfrentados de la burguesía catalana, la Biga (nobles rentistas y algunos altos mercaderes) y la Busca (mercaderes medios y menestrales), amén de las frecuentes revueltas campesinas de los payeses de remensa (derecho del señor feudal a cobrar un recate al campesino que abandonaba la tierra). Tras la peste negra y las hambrunas (1348 y segunda mitad del siglo), que redujeron en toda Europa drásticamente la población, los nobles sometieron a los campesinos a una serie de malos usos, que los reducían a la condición de siervos. El rey de Aragón y conde de Barcelona, Juan II, enfrentado, en guerra abierta con su hijo Carlos de Trastámara y Evreux, Príncipe de Viana y de Gerona, infante de Aragón y de Navarra (+ en Barcelona en 1461), intentó debilitar el poder nobiliario, con la ayuda de la Busca y los remensas, y  estando a su favor aragoneses, valencianos y malloquines. Lo que condujo a una sangrienta y cruel guerra civil (1462-1472) frente al Consejo del Principado (Generalitat), dominado por la Biga, que ofreció sucesivamente la corona al rey de Castilla, al  de Portugal y a Renato de Anjou, internacionalizando así la guerra, mientras Juan II se apoyaba en Francia y al final en Castilla, donde su hijo Fernando había llegado a ser consorte de la reina Isabel. El triunfo fue para el monarca aragonés tras el asedio de Barcelona, con la capitulaciones de Pedralbes. Muerto en 1479, los remensas siguieron con sus reivindicaciones, Fernando el Católico, Ferrán II de Aragón, que le sucedió, dictó en 1486 la sentencia arbitral de Guadalupe, que abolió los malos usos a cambio de indemnizaciones.

El año 1494, el mismo rey Fernando,  que pasaba la mayor parte de su tiempo en Castilla, mucho más poblada y próspera, creó el Consejo de Aragón para el gobierno de sus reinos propios, y a la vez como última instancia en las causas judiciales. Otras instituciones fueron comunes en la Monarquía dual, v.g., la Inquisición (1483), y acontecimientos como  la expulsión de los judíos y las guerras con Francia.

Aunque los nuevos territorios descubiertos en América pertenecieran a la Corona de Castilla, los súbditos de la Corona de Aragón no quedaron excluidos del comercio atlántico, y la primera parte del siglo XVI fue de gran prosperidad. Ésta decayó en tiempos de Felipe II, cuando aumentaron las exacciones regias y aumentaron las medidas políticas autoritarias, así en los casos de Antonio Pérez y de Juan de Lanuza.

Cataluña, como sabemos incluso por El Quijote, fue un territorio dominado por el bandolerismo y la acción de piratas berberiscos hasta mediados del siglo XVII. Fue también un período de lentro retroceso de la lengua catalana y del latín, que continuaría hasta la mitad del siglo XIX, mientras avanzaba el castellano, la lengua habitual de la aristocracia y la alta burguesía, así como de los procesos judiciales, que podían culminar en los tribunales centrales de la Monarquía dual.